Linuxun quraşdırılması zamanı sizin sərt diskin seçdiyiniz hissəsində Linuxun kök fayl sistemi yaranır. Kök fayl sistemi standart kataloq və utilitlər yığımını özündə saxlayır,bunlarsız  Linuxun işləməsi mümkün deyil.

Kök fayl sistemi / ilə işarə olunur. Fayla müraciət mütləq kök fay sistemindən başlamalıdır. Kök fayl sisteminin əsas kataloqları:

/           – kök kataloq;

/bin     – Linuxun standart utilitlərini saxlayır;

/boot   – GRUB yükləyicisinin (zaqruzçik) konfiqurasiya fayllarını, kernel obrazlarını, Initrd fayllarını saxlayır;

/dev    – cihaz fayllarını saxlayır (device);

/etc     – ƏS-nin konfiqurasiya faylları və şəbəkə xidmətinin fayllarını ayrı-ayrı faullarda özündə saxlayır;

/home – istifadəçilərin ev kataloqlarını özündə saxlayır. İstifadəçilərin ev kataloqlarında faylların, həmçinin, müxtəlif proqramların istifadəçi tənzimləmələrini saxlayır;

/lib    – burada nüvənin müxtəlif kitabxanaları və modulları yerləşir;

/misc – bu kataloqda hər şey ola bilər;

/mnt  – bu kataloqda əsasən fayl sistemlərinin birləşmə nöqtələri saxlanılır;

/proc – bu, tam olaraq kataloq deyil, procfs fiktiv fayl sistemlərinin  kataloqudur. Bu fayl sistemləri proseslər haqqında informasiyanın verilməsi üçün istifadə olunur;

/root – root istifadəçisinin kataloqudur. Qeyd edim ki, root istifadəçisi maksimal səlahiyyətli istifadəçidir;

/sbin – sistemi idarə etmək üçün utilitlər yığımıdır. Bu utilitləri yalnız root istifadəçisi işə saa bilər;

/tmp – “zibil qabı”, yəni, müvəqqəti faylların saxlandığı kataloq;

/usr – istifadəçi proqramlarını özündə saxlayır;

/var – daimi olaraq dəyişən sistemlər, məsələn, poçt qutuları, çap növbəsi və s.